Compreende o exame e avaliação dos sistemas de controles internos nas áreas de: compras, suprimentos, estoques, produção, custos e contas a pagar; faturamento, receitas e contas a receber; recursos humanos e folha de pagamento; tesouraria, aplicações financeiras, etc.

Dos trabalhos de auditoria dos sistemas operacionais são emitidos relatórios e cartas de recomendações para melhoria, eliminação de erros e falhas, certificação mediante a testes das transações de que as normas e diretrizes da administração estejam ou não sendo cumpridas de forma satisfatória, bem como o aperfeiçoamento e segurança dos sistemas internos da empresa, visando a redução de risco de fraudes.